Studi ini bertujuan untuk melihat dampak dari PNPM Perdesaan terutama terhadap penurunan kemiskinan, partisipasi warga, dan akuntabilitas, transparansi, dan ketanggapan pemerintah di tingkat desa. Selain itu, studi ini juga memeriksa dampak PNPM-Perdesaan terhadap pemenuhan kebutuhan utama warga miskin di perdesaan serta sejauh mana pemberdayaan telah terjadi. Studi ini dilaksanakan di 18 desa di tiga provinsi, yaitu Jawa Timur, Sumatra Barat, dan Sulawesi Tenggara. Pada awalnya, studi ini didesain untuk membagi wilayah penelitian menjadi daerah perlakuan dan kontrol.