Syukri bergabung dengan The SMERU Research Institute pada 2009. Saat ini, Syukri adalah peneliti senior dengan fokus riset di bidang tata kelola, desentralisasi, pemberdayaan masyarakat, dan pembangunan partisipatif. Syukri banyak terlibat dalam studi terkait pemberdayaan masyarakat, seperti berbagai studi evaluasi Program Nasional Pemberdayaan Masyarakat (PNPM) dan tata kelola pemerintahan desa di bawah UU Desa. Selain di bidang riset, Syukri juga terlibat dalam pengembangan rancangan program pembangunan Pemerintah Pusat, seperti Pengembangan Penghidupan Berkelanjutan (P2B), Program Peningkatan Kesejahteraan Keluarga Melalui Pemberdayaan Masyarakat (PKKPM), dan Pengembangan Infrastruktur Ekonomi (PIE).   

Sebelum bergabung dengan SMERU, Syukri pernah menjadi editor buku di Penerbit Kalam, Yogyakarta; peneliti junior di Pusat Studi Asia Pasifik (PSAP) Universitas Gadjah Mada; dan pengajar tamu di Universitas Paramadina dan Universitas Al-Azhar Indonesia, Jakarta.